在20世纪90年代末至21世纪初的这几年间，瓦伦西亚俱乐部迎来了巅峰期，球队在西甲、欧洲赛场都极具竞争力，在此期间，库珀、贝尼特斯先后执教瓦伦西亚。

在阿根廷人库珀执教期间，瓦伦西亚连续打进1999-2000、2000-01赛季欧冠的决赛。在库珀之后，41岁的贝尼特斯在2001年夏天成为了瓦伦西亚新主帅，在2000-01赛季，贝尼特斯执教的是西乙球队特内里费，他率领球队最终以西乙第三名的成绩成功升上了西甲。在2000-01赛季征战西乙的这支特内里费阵中，有几位球员后来成为了西班牙国脚：出自皇马青训的前锋米斯塔、从瓦伦西亚租借来的右边后卫库罗·托雷斯、从巴萨租借来的路易斯·加西亚。路易斯·加西亚在2000-01赛季西乙打进16球，是特内里费阵中的头号射手，几年后凭借在利物浦的出色表现，路易斯·加西亚成为了西班牙国脚。

在2001年的夏天，瓦伦西亚的阵容有不小的调整：法国中场德尚已退役，中场绝对主力门迭塔高价转会去了拉齐奥，斯洛文尼亚球星扎霍维奇被送去了本菲卡。而在转入方面：新主帅贝尼特斯将爱将米斯塔带到了瓦伦西亚，右边后卫库罗·托雷斯结束租借回到了瓦伦西亚，从本菲卡换来了马切纳这位未来西班牙国家队的主力中后卫，从马拉加引进了中场球员鲁菲特，签下了连拿西甲与西乙金靴的前锋萨尔瓦。

在2001-02赛季的西甲比赛中，瓦伦西亚、拉科鲁尼亚、皇马、巴萨都是西甲冠军的有力争夺者，最终，21胜12平5负积75分的瓦伦西亚拿到了西甲冠军，领先第二名拉科鲁尼亚7分。38轮联赛，瓦伦西亚只丢27球，是丢球最少的球队，这归功于瓦伦西亚实力不俗的中后场，中场有艾马尔、基利·冈萨雷斯、巴拉哈、阿尔贝尔达、安古洛、鲁菲特、维森特等球星；防线上则有西班牙国门卡尼萨雷斯、后卫卡博尼、佩莱格里诺、阿亚拉、安格洛马、久基奇、马切纳、库罗·托雷斯。

而瓦伦西亚的进攻线并不犀利，38轮联赛过后只打进51球，只有三场进球数达到3粒。在这个赛季的西甲射手榜前列，根本看不到瓦伦西亚球员的身影，队内最佳射手是中场球员巴拉哈，由于受到伤病困扰，巴拉哈在这个赛季西甲只出场17次，打进7球，凭借这7粒进球，他已是瓦伦西亚队内进球最多的球员。

2003-04赛季，贝尼特斯再次率瓦伦西亚拿到西甲冠军，具体战绩为23胜8平7负积77分。与2001-02赛季夺冠时一样，瓦伦西亚在这个赛季38轮过后只丢27球，不同的是，球队这个赛季在进攻端火力全开，38轮打进71球，前锋米斯塔与边锋维森特在这个赛季大放异彩，两人都拿出了生涯巅峰表现，其中米斯塔在西甲打进19球，位列西甲射手榜第三。

除了在西甲夺冠外，瓦伦西亚在2003-04赛季还拿到了联盟杯的冠军，球队在决赛2-0战胜阵中拥有德罗巴的马赛，维森特、米斯塔各进1球。

贝尼特斯在2001年夏天上任，于2004年夏天离开，共执教瓦伦西亚3个赛季，率队拿到了3座重要奖杯：2个西甲冠军、1个联盟杯冠军。在贝尼特斯的执教生涯中，瓦伦西亚是相当重要的一站，正是凭借在瓦伦西亚执教期间的成功，贝大师在2004年夏天成为了利物浦主帅。

而在度过20世纪90年代末至21世纪初的辉煌后，瓦伦西亚在此后的十几年间几经沉浮，比利亚、大卫·席尔瓦等顶尖球星不断流失，球队的整体实力也下滑了不少，没有了问鼎西甲的实力。

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